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Aeroméxico pasó por un proceso de desincorporación paraestatal. El Gobierno Mexicano (su anterior dueño) puso en venta el 90% de las acciones del Consorcio Aeroméxico. Después del largo proceso en el que compitieron: , Grupo Posadas (Mexicana de Aviación) y Banamex, Aeroméxico fue transferida a la iniciativa privada el día 17 de octubre de 2007. Su nuevo dueño es un grupo de varios empresarios mexicanos liderados por Banamex, el cual pagó $249.1 millones de dólares.Banamex es un subsidio de grupo Citibank.
Después de que el 21 de julio de 2011 Interjet realizara en una ruta nacional el primer vuelo con biocombustible en América (y cuarto a nivel mundial), Aeroméxico anunció que haría el primer vuelo transcontinental de ese tipo, con la ruta Ciudad de México-Madrid.